Met dat kleine team loop je rond in een mooie wereld, die dus bestaat uit een handvol planeten. Waar de ene bedekt is met een heerlijk groen grasland, is de volgende een ijswereld en de derde juist heel bosrijk. Het zijn de werelden zoals je ze ook uit verschillende Mario-games kent. Sommige delen van de planeten zijn alleen toegankelijk als je weet te ontdekken hoe. Tegelijk loert er gevaar doordat je een loslopende vijand kunt tegenkomen. Mocht je er daar een van treffen, dan leidt dat tot een gevecht in die andere kant van de game: knokken in een aparte arena. Net als in het eerste deel, word je naar een apart stukje spelwereld verplaatst, een arena waarin het Xcom-deel van de game zich ontvouwt.
Dan sta je met twee, die of vier personages tegenover een doorgaans veel grotere groep tegenstanders, waarvan je er altijd de nodige zult moeten uitschakelen. Dan begint dus de typische turn-based gameplay die je van Xcom gewend bent. Dan pas komen dus de wapens en eigenschappen van de verschillende personages aan bod. De basis is daarin gelijk aan het eerste deel. Eerst mag jij je zetten doen en vijanden aanvallen, daarna zijn de rollen omgedraaid en doen alle vijanden stuk voor stuk hun moves, waarna jij weer aan zet bent. Het leuke is dat al je personages in principe twee acties kunnen doen: bewegen en schieten, maar daarmee is het niet gedaan.
Sparks
Naast bewegen en schieten kun je dus een extra handeling uitvoeren, maar ook dan zijn we er nog niet. Je verzamelt gedurende de game een hele serie Sparks. Dat is een nieuw fenomeen binnen het Mario + Rabbids-universum. Hoe die in het verhaal passen, mag je zelf ontdekken. Wat gameplay betreft fungeren ze als de welbekende buff dan wel debuff. Je begint met één Spark per personage, maar later kun je elk personage van een tweede Spark voorzien. De meeste geven je wapen een zogenaamd supereffect, een extra elektroschok bijvoorbeeld, die het effect van je wapen met 50 procent verhoogt. Het is een spel van elementen, want er zijn Sparks met vuur-, water- en ijseffecten. Sommige laten je vijanden uit positie stuiteren, anderen beroven hen juist van hun loopactie.